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黑圣母那边，和米卡尔齐心协力，付出重伤的代价，终于把轩真影赶出魔神号，接下来就让晨清羽们发动究极版潘多拉之盒攻击他。
为了不让轩真影逃跑，黑圣母和米卡尔拖着伤势在空中围堵他的去路。
黑圣母与米卡尔的实力合在一起，和轩真影的实力成对比，这让轩真影的脸色十分难看，最后暴走了。
“该死的蝼蚁，该死的蝼蚁，我要杀了你们，我要毁灭所有时空，毁灭没有我心爱之人的所有时空！”轩真影第一次咆哮出自己毁灭所有时空的真实目的。
毁灭没有心爱之人的所有时空？
黑圣母和米卡尔对视一眼，看出了疑问，这是第一次听到这件事。
“轩真影，为什么要毁灭没有你心爱之人的所有时空？过去发生了什么事让你如此执着毁灭所有时空？”米卡尔问道。
“过去发生什么事？哈哈哈……”
轩真影突然狂笑了，笑得如此悲伤，不愿意回忆起的那段过去重新浮现在脑海里，脸色阴鸷起来，声音充满愤怒，“这一切的一切都是翼族害的！就因为我拥有黑色翅膀，被视为不详之子，被周围排挤，被欺负，被伤害……只有她，只有安琪儿她对我很好……”
（樱：轩真影的过去就在番外提及吧。）
“…………”
黑圣母、米卡尔两人听完轩真影断断续续地述说过去，心情不由得复杂交加起来，两人没想到轩真影居然有这样的过去，难怪要毁灭天界了，还要毁灭所有时空。
不过，毁灭所有一切的行为是不对的，会给所有时空造成灾难，所以必须要打败轩真影！
三人对峙的时候，伊甸号和天使号还有云浮城的所有战士包围了这片空中，保持战斗状态静静的看着那三人的对峙，没有做出进一步的举动。
轩真影见启动时机已到，转头对魔神号大声命令道，“我的人偶们，开始启动究极版潘多拉之盒，把所有时空全部毁灭吧！”
下达命令后过去了许久，不见魔神号有动作，轩真影的脸色越来越难看了，“怎么回事？我的人偶们居然没照做？这到底是……”
黑圣母突然上前，带着自信的冷笑，“没用的，仙仙唤醒所有晨清羽的意识，已经不会听从你的命令了。”
“什么？那个丫头唤醒了我的人偶们？她拥有精神异能？”轩真影的声音带着颤抖，不可置信地看向黑圣母。
精神异能居然是最稀有的能力！难怪自己的催眠术被轻松的解开了，不过……轩真影恢复平静的神色，一抹弧度从嘴角扬起，“哼！那就没办法了，我只好亲自启动究极版潘多拉之盒了。”
“我不允许你这么做！米卡尔，我们上吧！”黑圣母张开灰色双翼，身上的伤口流血不止，依然勉强使用法术。
米卡尔点头，使用光属性的最强攻击绝招——光之脉冲炮！叠加黑圣母的暗之闪电
几道耀眼的白色光芒卷起黑色闪电并融合在一起形成破坏力极强的新的光芒，托着尾巴从正面朝轩真影射去。
轩真影反射性的张开黑色翅膀，把自己的身体包围在里面，强行挡住了米卡尔的攻击，过了几秒的时间，最终挡不住了，直接受到攻击，身上出现伤口，模样狼狈起来，大口喘气着，眼神恶毒地看向米卡尔与黑圣母。
“呼呼呼……”
黑圣母的视线渐渐模糊了，显然消耗体力过大，无力保持浮在空中的状态，意识陷入一瞬间呆滞的时候，身体急剧坠下，被轩真影看准时机，闪电般冲过去，一把锢住她的身体，然后伸出手刺向她的心脏部位，冷声疯癫地笑了，“哈哈哈！你给我去死吧！”
这一切来得太突然了，米卡尔没反应过来，睁眼看着轩真影刺中了黑圣母的心脏，看到黑圣母嘴角不断流下血，他的心脏骤然一紧，使出法术进行攻击分开轩真影和黑圣母，然后飞过去接下黑圣母的身体，有些自责地看着她，“抱歉，我没能救上你……”
“不需要自责，这一切和我预知的那样，我的死是注定的，没人会改变的，所以不用自责……”
黑圣母的神情平静，眼神透彻出一丝惋惜，好像很可惜没能亲眼看到轩真影死去的那个瞬间，不过她相信预知是绝对的，轩真影必然会死。
“黑圣母……！”
看到黑圣母的气息渐渐微弱了，米卡尔想要第一时间为她治疗，可力量消耗的太大了，没有多余的力量为她治疗，只能看着黑圣母永远闭上眼睛。
米卡尔忍住悲伤，将黑圣母交给乘着飞车上前的一名伊甸战士，然后愤怒地看向轩真影，“轩真影！！！”
“那个女人死了，接下来就轮到你了。”轩真影的伤势慢慢愈合了，神情越发阴险。
“同伴们，和我一起上吧！”
米卡尔一声命令给周围的同伴，云浮城的智能机器人、伊甸的克隆人战士、圣殿的翼族人骑士，一起跟着米卡尔冲向轩真影，展开了惨烈的战斗。
阴暗的天空更加阴暗了，狂风呼啸，血腥味不断传来，许多克隆人战士和翼族人骑士惨死战场，明明对手只有轩真影一个，对付起来却这么难。
【究极版潘多拉之盒发动了，目标对象为轩真影！】
苍穹间传来一个震耳欲聋的声音，让所有人一愣，米卡尔率先回过神，大声喝道，“快撤！逃离此地方圆几里！”
话音一落，除了轩真影，所有人都快速地撤离了，此刻这片空中只有轩真影一个人。
听到刚才那声音，轩真影的脸色再度变化了，黑的更黑了，低声怒吼道，“该死的！到底是谁修改了究极版潘多拉之盒的攻击对象？那些人偶么？很好败好……”
他转身朝魔神号飞过去，速度极快，想要登上魔神号，却看到魔神号正面的地方冒出巨大的炮口，毁灭一个人的死亡之光聚集在炮口中间，轩真影脸色大变，“不好，开始发射了。”
轩真影想要飞离发射范围，却被米卡尔使用束缚术锢住了自己的身子，一瞬间无法行动，轩真影怒瞪着很远距离那里的米卡尔，该死的，该死的！
【轩真影！你的死期到了！】
在魔神号指挥室的叶筱仙带着自信的语气用扩音器冷冷地宣布道。
轩真影瞪大了眼睛，看着究极版潘多拉之盒的毁灭之光包围了自己的身体，神色充满了死灰般绝望，自己偷来的潘多拉之盒的技术加以改良居然毁灭了自己！
不甘心！安琪儿！我不甘心！我要毁灭没有你的所有时空啊！
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几千年的讨伐轩真影的战争终于结束了，轩真影在那个光芒中消失了。
黑圣母的死讯传到叶筱仙那里，让她不由得震惊了，心中的不详预感最终成真了。
在黑圣母的葬礼上，叶筱仙和所有人一起为她哀悼着，气氛十分悲痛。
小莹作为与黑圣母走得最近的人，按照黑圣母上战场前就立下遗嘱，继承了她做了九百多年的城主之位，成为新一代城主。
由于轩真影死了，【命轮】和【伊甸】就没用处了，被小莹改用在别的有利于居民的用途上，关闭杀手学院并改造成普通学院。
克隆人的寿命缺陷，被白圣母提供新人类的技术解决了，今后伊甸城将迎来新的时代，不再居住在恶劣环境的沙漠当中，而是搬到云浮城，和智能机器人一族还有新人类一族共同生活在空中。
这个环境恶劣的星球，不改造成原来的面貌是不行的，叶筱仙建议小莹展开改造星球的工程，小莹立刻同意了，不到几天，改造星球的漫长工程开始了，相信总有一天这个星球恢复到千年以前的样子。
至于【圣殿】方面，由于成功讨伐轩真影，因此没有了作用，被用在别的用途上了。
对了，晨清羽的事情解决了，除了DQ300的晨清羽外，其他三十九个晨清羽被米卡尔洗去了有关这一切的记忆，送回各自的时空，让他们恢复以前的生活。
叶筱仙把叶依雪怀孕的消息告诉了晨清羽，晨清羽一连几天一副呆滞模样，似乎无法接受自己快要做父亲的事实，当回到天界去接小雪的时候，看到小雪突起的肚子，他不得不接受了自己做父亲的事实，带着喜悦说要回到原来的世界去结婚，于是米卡尔送他们回去了。
他们的婚礼很豪华，叶筱仙、白辰溪、米卡尔还有蕾拉一起参加了，气氛很热热闹闹的。
看到叶依雪两人结婚了，蕾拉很想结婚，把这个想法告诉了米卡尔，米卡尔一听就同意了，等叶依雪两人的婚礼结束后，便在天界举行了两人的婚礼，邀请了大家参加，天界又是一派热闹的景象了。
接下来轮到叶筱仙和白辰溪两人了，只有他们没结婚，看到两对夫妻诞生了，叶筱仙心里很羡慕，白辰溪看在眼里，便向她求婚了，随后成功举行婚礼了，之后开始了幸福的时空旅行。
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结局写的很草啊，没办法，我的灵感有限，只能写成这样子了，接下来是番外了。