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永宁土司叛乱的消息很快传到京师，朝野再次震动。当然这一切都在左战的意料之中，唯一的疏漏就是没有制止朱夔元分兵把守，导致奢崇明差点成了气候，带来了不必要的伤亡和损失。为了弥补自己的过失，他连夜召开军机会议，与孙承宗、熊廷弼、黄克缵、南居益等人商讨对策。
黄克缵身为工部尚书，又与王恭厂的徐光启、毕懋康一同研制了众多新式火器，自知土司叛乱成不了气候，胸有成竹的劝说道：
“改土归流是一项功在千秋的大计，天下无人不佩服圣上的雄图大志。永宁土司虽然以此为由起兵反抗，老臣认为这只不过是个引子，他们多半是早有预谋。不过永宁和水西有姻亲关系，算得上唇齿相依，圣上应提醒朱总督早作提防，以免他们合兵一处。”
话音刚落，范景文也附和道：
“臣听闻奢崇明父子率七万贼兵围攻成都时，蜀王散尽家产组织乡勇，效仿圣上披坚执锐登临城墙指挥作战，成都百姓无不追随，说明叛乱不得人心。”
左战心知大家是在好言安慰，误以为自己会引咎自责，笑着说道：
“当朕决定推行改土归流的时候，就料定西南土地借机生乱。如今永宁的奢崇明率先反叛，贵州水西的安邦彦也会遥相呼应，这是板上钉钉的事。朕已提前命戚兴国率两千虎贲前往四川，协助朱夔元他们平叛，不出三个月必将斩下奢崇明和安邦彦的人头，震慑其他土司。”
孙承宗和熊廷弼早就领教过惺帝的本事，见怪不怪的说道：
“圣上胸有成竹，老臣佩服万分。改土归流以后，不仅消除了西南土司的隐患，还能增强了朝廷的实力，届时朝廷可以专心对付北方和东南的压力。”
左战不置可否的笑了笑，算是对他二人的肯定。战争永远只是手段，他要考虑的是战后如何选派各级官吏，安定当地百姓，恢复生产，不仅要成为朝廷的纳税重地，还要成为中华民族不可分割的一部分。
重庆城外，朱夔元居高临下安营扎寨，正与众将领商讨攻城的方案，传令兵报告说：
“禀告总督大将军，锦衣卫千户戚兴国求见。”
朱夔元虽然历任户部、兵部尚书，如今又做了四省总督，可谓权倾一时，但比起戚兴国他老子来，也只能算个军事小学生。听闻后亲自到帐外迎接，一边寒暄一边引荐各位将领，待施礼过后，戚兴国开门见山的说道：
“卑职此番前来有重要军情向总督大人和各位将军汇报，据重庆城内的内线密报，叛军缺粮严重，军心不稳。今夜守将樊龙会亲自到城外接应粮草，大人可趁机设伏擒获此人。”
说完后戚兴国抱拳施礼，如同一阵风遁去。
朱夔元望着他的背影，心中感慨真是将门出将子啊，戚少保在天之灵也可瞑目了。若是能迅速的夺回重庆，那么贼兵将失去屏障，大军可长驱直入，平叛指日可待，如此一来自己就能功过相抵了。
当晚朱夔元命令罗乾象和他们的部署乔装成运粮的部队，自己则埋伏在城外等待樊龙等人上钩。由于缺粮数日士兵叫苦不迭，永宁兵见到粮船后如同见到蜜饯纷纷扑上前来，并没有发现异样。罗乾象等樊龙走进后手起刀落，提着他的人头喊道：
“叛军主将已被斩首，尔等速速投降，官军优待俘虏！”
这些土司兵本是为了混口饭吃才跟着奢崇明父子，平日里没少受他们的欺凌盘剥，听到官军喊优待俘虏，纷纷扔下武器举手投降。在他们的指引下，朱夔元趁势攻进重庆城内，生擒樊龙党羽数十人。经过严刑拷打，威逼利诱，得知奢崇明早已退回永宁，其子奢寅在遵义驻防，与贵州的安邦彦遥相呼应，准备负隅顽抗。
此时罗乾象已经被任命为游击，身穿崭新的军服出入阵中，永宁降兵见状更加确信朝廷的政策，纷纷请命到前线劝说手足乡亲归降，甚至有知情人还将遵义和永宁一带的布防图献给朱夔元。
这里简单说下明朝的军事指挥机构和军衔制度，为了方便大家理解，就拿新中国做比较。皇帝本人是******，御马监是中央军委，兵部对应着国防部，五军都督府分别对应各大战区。比如左军都督府统辖浙江都指挥使司、山东都指挥使司、辽东都指挥使司，而中军都督府无具体的辖区，实际为左、右、前、后四军都督府的统辖机构，与兵部分别持有金牌，如需调兵先到御马监换成走马兵符，在派人去往各地集结军队。
军衔方面，小旗是班长，总旗是排长，再往上依次有千总、守备、指挥佥事、指挥使、游击（副军级）、参将、副将、总兵、提督、总督、都督。崇祯末年因李自成等人跨省作乱，又设置了督师，可以跨战区指挥围剿行动。
言归正传，朱夔元得到这些布防图简直如虎添翼，即刻命罗乾象为先锋，秦良玉、马祥麟为后军，亲率大军直逼永宁。按照惺帝的指示，朱夔元命士兵秋毫无犯，深得当地百姓的拥护，纷纷加入到平乱的队伍中。
如此一来官军势如破竹，高歌猛进，很快便到达永宁外围的土地坎，在那里与奢寅相遇。由于官军装备精良士气高涨，很多贼兵在家人的劝说下临阵倒戈，很快奢寅便败下阵来，受伤后扔下部将一个人逃走。
主将如此士兵更无心恋战，本着首恶必办的原则朱夔元下达屠杀令，不接受奢寅亲兵的投降，连同永宁城内的守军几乎消灭殆尽，剩余俘虏连他们的同家眷立即迁往重庆和成都。
破晓时分，永宁城内一片静寂，朱夔元搜遍城内也没找到奢崇明父子，正准备打会盹，罗乾象带着几个乡民闯了进来。
原来乡民反映大军围城的前一天奢崇明就往南逃走了，根据罗乾象的推断是去了他的老窝蔺州。那里不仅是奢崇明发迹的地方，而且九凤楼里还有他九房姨太太。对于败军之将来说，女色是最好的疗伤良药。
此时的明朝在左战的带领下已经形成了一个好习惯，那就是遇事开会讨论，发挥集体的优势寻求最佳的方案。经过商议，秦良玉认为官军战斗力虽然强劲，但此去蔺州山高路远，丛林中又多沼泽瘴气，不适合大军前行。罗乾象也从未去过蔺州，对那里一无所知。
众人正一筹莫展之时，传令兵报告说贵州巡抚王三善和戚千户已经入城。朱夔元等人慌忙整理衣冠准备出门迎接，戚兴国早已来到帐门，大声喊道：
“总督大人及诸位将军，卑职这个不速之客又来了！”
经过一阵寒暄戚兴国接着说道：
“朱夔元、秦良玉、马祥麟接旨！”
原来左战考虑到水西部落已有一千四百多年的历史，决心为中华民族保留这些非物质文化遗产。况且明朝初期朱元璋就与奢香夫人达成和解，奢香返回贵州后修建了龙场九驿，为后世所称颂。如今安邦彦挟持水西少主佣兵叛乱，实在不愿水西因此灭国，命令朱夔元等人诛杀奢崇明和安邦彦以后恢复水西原样，只是解除他们的武装改由贵州巡抚负责。
待戚兴国宣读完毕后，众人对惺帝预判战局的能力佩服的是五体投地。老道的朱夔元敏锐的发现这道圣旨里面的问题，说道：
“敢问千户大人，圣上只对水西做了安排，为何永宁却只字不提？”
身为土司官的秦良玉、马祥麟也带着同样的问题看着戚兴国和王三善，只听那嫉恶如仇的王三善说道：
“圣上既然不提，肯定是要将永宁叛贼斩草除根，以儆效尤。本巡抚接到的旨意是在当地设置州县，安排流官，组织百姓恢复生产，减免赋税休养生息。秦将军、马将军不必担忧，有水西为例相信圣上定会善待你们的族人。”
戚兴国见这个王三善说话有些冲，担心他成为第二个马晔，急忙解释道：
“秦将军的夫君是东汉名将马援的后人，圣上十分仰慕马援将军。卑职曾听圣上偶然间说起要封秦将军为一品诰命夫人，特赐贞素夫人的封号。令郎马祥麟为伏波公，世袭二等公。”
秦良玉，字贞素，四川忠州人，明朝末年着名女将。丈夫马千乘是东汉伏波将军马援后人，世袭石砫宣慰使。马千乘被害后，秦良玉代领夫职，独自将幼子马祥麟抚养成才。
公爵是外姓功臣能得到的最高荣誉，历代也只有跟随皇帝出生入死的武将才有这个资格。比如朱元璋建国初期只封了六位公爵，朱棣靖难之路千辛万苦也只有丘福、朱能、张玉和陈亨四人，可见门槛之高。
秦良玉闻听此话哪敢相信，妙目上扬不怒自威，严肃的说道：
“千户大人勿开玩笑，我家世受皇恩，不敢再有他念。”
那戚兴国见众人质疑，一时也不便多说，毕竟此事只是听皇帝说过一次，自己已经泄密，转而指着门外的乡亲们说道：
“朱将军治兵有方，军纪严明，沿途不拿百姓一针一线，还组织百姓打土司分田地，深得百姓的拥护。如今他们听闻将军已经攻陷永宁，箪食壶浆，母送子、妻送夫纷纷要求加入官军协助平叛。圣上常说得民心者得天下，看来胜负已见分晓。”
众人早就看到门外的百姓人头攒动，本以为是戚兴国和王三善带来的难民，经他一说才知道是主动来参军的，再也无法掩饰骄傲的神情。有当地百姓做向导，朱夔元立即发兵蔺州，将奢崇明围了个水泄不通。
城头之上，奢崇明看着军容整齐的官军内心早已绝望，他准备做最后一搏然后逃往水西找安邦彦。于是故作镇静的指着下面的罗乾象破口大骂，说他是只忘恩负义的白眼狼，以图瓦解官军的士气。
这是典型的强盗逻辑，自己良坏事做尽，反而埋怨别人反抗。对于这种人渣，最好的办法就是斩草除根，永绝后患。