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李岩率部撤离东昌府，在山东境内，只在西方角的定陶余留了一万精兵。但在距此不远的河南睢州保有大军，可以随时增援。在其全军回撤的过程中，李岩又用计诱出谈时迈。双方交战，得益于谈时迈的谨慎，虽然战败，但损失不大。
在完全确定李岩已经率部离开之后，周显下令进驻临清。除原有的一营兵卒外，周显又加增一营，使官军在临清兵力达到六千以上。同时，他还派出万元吉前往临清，暂行东昌知府之事。
接着，官军又兵不血刃拿下了聊城、濮阳等地。在当地任命官员，贴出告示，安抚百姓。运送粮食，救济灾民，招募乡勇，清查贼寇。这一系列措施下去，东昌府迅速恢复了安稳，毫无障碍的归服官军。
自此之后，除了郯城和定陶两隅，山东六府已尽在周显掌控之中。最主要的是，李岩率部离开，让其可以抽出足够的兵力全力应对李定国。
唯一的问题是，周显所拥有的骑兵远少于李定国。
白翥大胜满虏，携骑兵进入京师，一时军心振奋。崇祯帝大喜，重赏了白翥和众将士，并派魏藻德前去劳军。
魏藻德看过之后，觉得白翥手下的这些士卒个个威武雄壮，纪律严明，可堪大用。他回去之后，便向崇祯帝提议将这两部人马尽数留在京师，以作剿贼之用。而崇祯帝因为周显之前不太听话，早就想着削弱他的兵权。听了魏藻德的建议，便顺水推舟，就以剿贼的名义留下这些兵卒。
白翥大概是感觉这样太对不起周显，据理力争。认为山东局势还未完全稳定，需要这些将士，特别是这些骑卒应对闯军和隆武军。他的话语起到了一定的作用，但崇祯帝仍旧留下了一营步卒和一半的骑兵，并且白翥也被他留在了京师。
一万两千余人出征，回到山东的只有不到三千的步卒和一千五百骑兵，还有三百多蒙古难民和数百个请求从军的青壮。有一点好的是，白翥以京师缺粮，无法供养太多骑兵为由，将俘获的清军马匹给周显送了过来，有近两千匹。但现在空有马匹，没有骑卒，周显的心情也只能用苦涩来形容了。
那三百多口蒙古人，有半数为妇孺老弱，可堪用者，也就一百多人。周显将老弱安置在德州，青壮编入骠骑营。最开始的两营，共计六千骑，现在余剩半数都不到。而只能再在山东境内征调马匹，从全军中挑厌骑马的补充到骠骑营中。
昔日，蒙古骑兵横行天下。但时至今日，无论是战法，还是武器都远落后于清骑，甚至是明骑。最初，周显还对他们抱有很大的期待，但经过一段时间的观察后，发现能借用的地方还真不多。
为了避免生事，周显把那些蒙古妇孺进行了集中安置。这些察哈尔部蒙古人当时起事时，从科尔沁部那里抢了很多金银，倒也不用周显再给予他们安家的费用。只是派人协助他们盖了一些房子，并派出夫子去他们那里教授汉文。而那些年纪比较大的蒙古人，周显则把他们分配到马场里面，让他们协助养马。在汉人完全占优的环境内，只需要数年时间，他们中的大部分便会完全融于。
武志英返回山东，向周显提起清军在出长城之后，主力骑兵向北而去，才让他们的偷袭大获全胜。周显看过地图之后，认为他们的目标是在归化的图尔海，但此时再去通知他们明显有点晚了。思索之后，周显派了一小旗，十二个骑兵，其中两个为蒙古人。出关向北，以探查那边的战事情况。如果这次清军能彻底平定察哈尔部，那在关外便完全没了牵制。
唯一令周显高兴的事情，在那些愿意投军的青壮中，竟然有于成龙。他生于明末，兴起于康熙年间，是清初有名的干吏、清官。这样的人才，不能为大明所用，也是一种遗憾，而周显断然不会让这种遗憾发生。
为了严肃军纪，周显曾制定了十三条简易的军规，正缺一个监督之人。周显先是任命于成龙为随身书吏，不久之后任命他为监军，携武士三十名，专行监督之责。守备以下，他可以随意处置；守备以上，要向周显报告。
不久之后，一桩贪墨战死将士抚恤银子的弊案爆发。于成龙孤身深入营中，强迫吴元吉斩杀了一个主使此事的千总。他手下的两个把总被一百军棍打的屁股开花，其中一个脊柱断裂，今后只能躺在床上了。
这件事，让于成龙吸引了最多的仇恨，成了所有将士的眼中钉。要知道，将士之间是生死情，而他则是个外人。而于成龙毫不在意，继续严格执法，并且制定了更为严格的条文细则。
开始，很多将士跑到周显这里，向他告于成龙的状。周显对有些人进行了安抚，对有些进行了申斥，但原则就一条，就是于成龙所做的，自己都支持。后来，便没有人再敢轻易招惹于成龙了。军中将士表面上称他铁面包公，暗地里却直接骂他疯狗。
只不过效果立竿见影，使全军气氛陡然间变的严肃了起来。而那十三条军规，也坚定的推行了下去。后来为此还设立了专门的军法司，专门处理将士违纪及战功统计等诸多事情。
一切未必都尽善尽美，但周显朝着建设一支职业化军队的方向努力。
期间，南阳那边的战事情况不断传来。孙传庭在南阳城下多次击败闯军，官军士气大震。而闯军则士气低迷，有一支数千人的闯军在战败之后主动投靠官军。闯军各部人马听孙传庭色变，闻曹变蛟胆寒，军心思变。
河南各处乡绅看到形势好转，也纷纷竖起旗帜，聚集乡勇，不断袭击闯军。在豫西，这样的队伍便有上百支，严重威胁闯军的粮道和后方。从迹象上看，是官军逐渐扭转劣势，一切似乎都朝着好的方向发展。