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和硕特汗国的覆灭和叶尔羌汗国的覆灭，虽然都是大顺军出了主要力量，但结果却是让卫拉特四部之一的准噶尔部，收取渔翁之利，获得了大部分利益。
固始汗被击灭，盘踞西藏的和硕特汗国被顺朝远征军彻底灭国后，准噶尔部趁机击破了同样在山一带游牧的和硕特残部，得以彻底统一卫拉特诸部。
原本准噶尔部的僧格台吉，借这次对外战争的胜利，消弭了内部矛盾。他在打败和硕特部、成为卫拉特四部盟主以后，改称浑台吉，同僧格浑台吉本来有许多矛盾的两个弟弟，则被放出各领一部，前往伊犁一带游牧。
叶尔羌汗国在哈密被顺军打败以后，原本就开始游牧至伊犁河谷流域的准噶尔部，立即召集卫拉特各部联军，大举攻伐叶尔羌汗国，给了这个在顺军攻打下已经垂死的回教政权以最后的致命一击。
叶尔羌汗国亡国后，哈密及塔里木盆地东部的一部分绿洲城市被顺军控制。但更加富庶的伊犁河谷及塔里木盆地西部的喀什等城市，则落入了卫拉特诸部联军的手郑
僧格浑台吉放任大军劫掠了这些以绿洲农业和丝绸之路商业为主的城市居民，满足了卫拉特各部的需求，借此又强化了准噶尔部的盟主地位。
僧格浑台吉手握分配这些城市布匹、铁器、火药、粮食等资源的大权，便能够在卫拉特诸部中拉一派打一派，很快便在各部落中扶持起了大量拥护其盟主地位的铁杆盟友。
准噶尔部对整个西蒙古卫拉特各部的支配力量，得以大大增强了。
在这样的形势下，僧格浑台吉又引兵西向，过伊塞克湖，翻过葱岭，进入费尔干纳盆地大肆劫掠，满载而归。
回国途中，准噶尔人又遭到哈萨克部落的袭击，他们凭借驼城反击，大获全胜，等到返回山草原时，僧格浑台吉控制的总兵力，已经达到了五万余骑之盛，兵力之强还超过了和硕特汗国的全盛时期。
在这样的情况下，僧格浑台吉一面授意他那个正在拉萨学佛的弟弟葛尔丹于西藏制造叛乱，一面则准备引兵东进攻打哈密，张狂猖獗非常，即便李来亨没有主动对准噶尔部实施打击，顺朝和西蒙古各部联军的战争也是不可避免的。
然而僧格浑台吉的军事才干尚不及他那个弟弟葛尔丹强势，几次重大胜利，靠的不过是在顺军身后捡漏而已，准噶尔依旧只是一个部落，对于西蒙古诸部只是建立起了类似和硕特汗国那样的盟友和半附庸关系。
僧格浑台吉亦只是称浑台吉，而尚未称汗，他还没有足够的力量和威望将准噶尔部为盟主的西蒙古联军，凝聚为一个准噶尔汗国政权。
这样的敌人，当然不可能是顺军的对手。
顺、准之间的首次冲突，即发生在哈密附近。
僧格浑台吉派遣与他关系不睦的哥哥车臣率军侵攻哈密，并许诺其攻陷哈密以后，便允许其自领一部在哈密和青海附近游牧。
在这样的许诺下，车臣召集了亲信部下二千余骑，又四处从其他部落中搜集了大量愿意跟随其前往哈密和青海一带游牧的蒙古人，聚集起了上万兵力，加上沿途一起东进的妇孺老弱，形成了一支多达万帐的大军。
为了应对准部东侵，刘芳亮便离开兴京长安府，亲自前往甘肃兰州坐镇指挥。
当时顺军以张国武领兵一千多人驻守沙州，康大眼领兵二千多人驻守哈密。由于嘉峪关以外，沙漠广布，道路难寻，城市依靠绿洲维系生存，相互之间仅有可供规模商旅通行的商路，大军互相难以联系。
准部侵入哈密后，柴达木盆地西北的各绿洲镇迅速沦陷。车臣率领万帐部落的迁徙大军，沿着金山北麓直接挺进向嘉峪关方向。
负责驻守嘉峪关外顺军最大据点瓜州城的守军将领，由于强行推行编户齐民的政策，同当地回回、蒙古土着不和。当获悉准部逼近瓜州的时候，顺军守将又强迫城外百姓放弃田宅撤入城中，对于不愿撤走者，则强行放火焚毁其房屋。
这样的做法导致了车臣绕行金山北麓，突然抵至瓜州城下的时候，城内的回回、蒙古土着便趁机发起反叛，杀害顺军守将及全城汉人将士、官佐以后，开城迎接准噶尔军入城。
瓜州是大顺在关西最大的驻防城市，守军有四千人之多，竟然这样轻而易举地被准部攻占。
而且瓜州处在沙州和哈密城的后方，是前线顺军联系嘉峪关的必经要点，瓜州沦陷以后，还驻留在哈密最前线的张国武、康大眼两部，便成为了孤悬于外的海外偏师，陷入孤立无援、弹尽粮绝的困境。
刘芳亮闻讯以后，首先向朝廷上书请罪，李来亨不许，反而继续授予刘芳亮便宜行事的专任大权。
刘芳亮随即下令免除处置不力的甘肃省观察使、营田使和都捕盗使等人职务，重新请求朝廷委派得力官员赴任，同时将顿兵不前、增援瓜州不力的嘉峪关守将逮京下狱，启用了一大批出身讲武堂的少壮派军官任事。
完成内部整顿的同时，刘芳亮又派遣李懋亨督军出关，负责起收复瓜州和救援沙州、哈密两城的重任。
其时准军调集大兵，正在围攻弹尽粮绝的沙州城。
沙州守军本就只有一千多人而已，城中居民又皆非汉人，难以进行有效动员，一旦居民叛变，内外夹攻之下，势必全军覆没。
守将张国武系前明宣大边军出身的军将，参加过国初抗清战争的数场大规模会战，又长期在东北、西北边疆地带任事，极富胆识。
他根据当地土着的习俗传统，先是向百姓解释了顺朝的治理政策，又向他们渲染了准部破城以后势必劫掠定居百姓财产的习惯，最后同城中土着大户豪族，于神前礼拜结义，安定了沙州城的内部局势。