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顺准两军在伊犁河谷连续激战五天四夜之久，最终以准军全线溃败，逃亡葱岭以西告终。
至此大顺军彻底实现了远征天山、直抵伊犁的战略目标，实现了深入虎穴、犁廷捣巢的任务。
当这一消息经由蒙古牧民传到漠北的时候，僧格浑台吉闻讯惊愕病倒，原本臣服于准噶尔人的喀尔喀诸部，见此情形，也在当地大喇嘛的带领下选择了向顺朝投降。
僧格浑台吉的手下虽然还有三万骑的兵力，但是由于喀尔喀盟友的叛变，再加上天山老家的丧失，全军上下士气低落，部众星散，不复为伍，未经一战，便有上万部众相继逃散。
安东大都督府所辖的东军也适时地抵达战场，给了僧格浑台吉最后的致命一击。
安东军在叛降喀尔喀诸部的协助下，长驱直入，抵达和林，将准噶尔余众击溃，生擒了僧格浑台吉，将其押送回京，同多尔衮一样发配山东修黄河去了。
大顺军荡平准噶尔汗国的一役，用兵行军快如闪电，刘芳亮的大胆挺进，为收获最后的全胜之功打下了定锤之音。
自此西域三路全部重归中国版图，朝廷得到战胜之讯后，立刻听从了刘芳亮的建议，任命李懋亨为安西大都督府大都督。
对于西域的东疆、西疆、南疆三个边疆地区，则按照此前在黑水营战死的果毅将军吕泽遗策，采取了分而治之的手法。
东疆地区，即东天山南北的哈密、吐鲁番和巴里坤等地。这一地区在东天山以北是游牧地区，东天山以南的哈密、吐鲁番是农耕地区。
大顺在这一带直接设置了郡县州府，进行流官管辖。过去统治哈密一带的回部土司、蒙古游牧部落，其牧民被迁徙到青海放牧，农民则留居本地，由大顺委派的官吏实行编户齐民的直接管理。
为了保障安定，李来亨下令改沙州为敦煌府，将哈密府、敦煌府、瓜州、安定州都编入甘肃省的建制内，并将甘肃省的梳由兰州迁至更靠西面的甘州即张掖。
在吐鲁番一带，则承认了当地回王的世袭权力，任命其为火州都督府都督，封哈密郡王，并派遣大顺流官出任火州都督府副都督实行监督责任。
西域的北疆是指天山以北地区，基本上以游牧为主；南疆则是指天山以南地区，基本上以绿洲农业为主。
三疆之中，东疆地区最靠近中原，因而一般是比较亲中原王朝的地区，同时通常也是中原王朝经略西域的桥头堡。
汉代以降无不是从这里开始进入西域的脚步的。唐代征服西突厥就是从伊吾归附和灭高昌开始的。
当统治稳固下来之后，唐代在这里设置了伊州、西州，所以大顺也是首先在哈密一带设置了大顺流官直接掌控的敦煌府、哈密府，及其治下县厅。
对于依附顺朝，为顺军远征天山提供了大量帮助的哈密回王，则允许其世袭统治吐鲁番地区，并封以世袭罔替的郡王头衔，并且每年都会予以大量金银赏赐，哈密回王的子女也多赴开封求学任官。
而在北疆地区，这里主要是草原游牧地区，古代唐军进入之前是西突厥的核心地区，大顺军进入之前是准部的腹心之地。
唐廷在征服了北疆草原之后，设置了北庭都护府。唐廷对于北庭地区的控制的反复是比较多的。对于西突厥旧部左右厢咄陆、毕失努各五部，唐廷一开始大体上能够约束，到了高宗末年到开元中期的一段，突骑施部在可汗苏禄的带领下兴起，受唐廷册封去领导左右厢的兴昔亡和继往绝可汗这些阿史那家的后人竟然都不敢去继位。
最后在玄宗中前期，还要联合阿拉伯帝国一起去压服突骑施人。所以总的来说，唐廷对于北疆的统治远远不如在东疆地区严密和巩固。
顺朝在消灭了准噶尔部及卫拉特联盟之后，很快又镇压了在东疆一带反复叛乱的西蒙古余部实力。
然后顺军就在伊犁修建城池，以驻屯军的同时，将一批早年归附大顺，长期在朔方省内游牧的漠南蒙古部落，迁徙到天山一带放牧，用这些亲近顺朝的熟藩部落来控制卫拉特人的余部。
最后是南疆：这里作为绿洲农业地区，唐军进入之前主要是臣服于西突厥的各种印欧人建立的绿洲小国，大顺军进入之前主要是臣服于准噶尔的各种当时缠回土着部族。
当年唐军征服了西突厥之后，主要是在这里建立了安西四镇其中一镇一度移到北疆，它们是唐廷在西域的战略支撑，也是安西都护府主要直接管辖的地区，其他的地区仍然由各印欧人的城邦自治为主。
在吐蕃与唐军反复争夺西域之后，唐廷在西域的统治稳定下来，以四镇为核心，辅以印欧人城邦的政治体系由此确立下来，大体和平运转了五六十年
顺朝借鉴了盛唐经略南疆的统治经验，在伊犁筑城设置了安西大都督府的治所后，又在塔里木盆地边缘建立统治，先后平定了白山派、黑山派在内的一大批准部和叶尔羌汗国的残余势力。
然后便允许一批缠回土官成为南疆绿洲小城的世袭统治者，为其册封了世袭罔替的伯爵、子爵头衔。
顺军则在轮台、阿克苏、喀什等地修筑屯田城池，分别驻扎数百名或一千名士兵，在当地屯垦，同时负责管理和协调各缠回土官之间产生的矛盾。
为了起到众建诸侯，其分其势的效果。顺朝在南疆众土官中，首先规定其一律不许在本乡本土任职。几个大城市的土官，也都是由顺军选择的倾覆大顺的多名缠回土官共同担任。
而在葱岭以西，唐军在灭了西突厥之后，曾经短暂的将势力延展到过中亚，但是很快发现力有不逮，于是最终经过十年左右的调整收缩到西域范围内。
而对于哈萨克草原的游牧民族和河中的印欧人城邦则是称臣就好。后来，在八世纪早期，河中地区最终被古太白主持征服、整合。而在经过了上述唐阿共同在河中等地绞杀苏禄汗所部之后，河中最终确定为阿拉伯帝国的地盘。
大顺军在征服了准部以后，也有不少准军残部跨过葱岭，逃到了哈萨克人聚居区内，此外还有少数长期受到准噶尔部压迫的哈萨克部落，在听闻大顺军迅速击灭卫拉特人的武功以后，主动举族内附。
好大求全的李来亨遂直接授意安西大都督李懋亨，派兵巡视巴尔喀什湖和伊塞克湖两湖之间的哈萨克人游牧地区。
顺军进入此区以后，同当地的哈萨克人爆发了少量武装冲突，但整体上是以和平贸易相处为主，直到十余年后，顺军才趁着哈萨克三玉兹内战的机会，出兵干涉其内乱，将哈萨克三玉兹都并入都督府的辖区内。