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淮凤军情报调查司的成立让朱尽忠不在是瞎子，随着情调司发展越来越完善，对于日后淮凤军的发展和作战则是更加的重要，情报调查司不单单只是收集情报，还有一个调查，主要是暗中调查军中以及商业方面，是否有出现贪腐之人，还有那些有可能危害淮凤军整体发展之人，军队内的调查只是治标不治本，所以需要从根本上来解决。
明末的各镇官兵那是非常的混乱，军队几乎就是各将领私有财产，而那些各处将领，管理手上兵马的手段也是比较简单粗暴，毫无系统性可言。总兵除了手上的家丁以外，其他的兵士不足花名册之上的六成，大战之前才可以到处抓掠凑齐人数，也不管有没有武器，这也直接导致了很多队伍良莠不齐毫无战斗力。
朱尽忠可不想淮凤军日后变成这个这样，所以他下决心要建立一支现代化管理机制的军队！
为了避免日后淮凤军出现类似于其他明军的问题，准备暂设立战训、参谋、后勤三个处，直接管理淮凤军各环节中的事情。朱尽忠按照自己的理解，参照后世军队的情况，给这个三个司规定了独有的职能。
战训处主要职能士兵的招募和训练，训练合格之后补充进淮凤军下属各营。
参谋处则是参谋军务，负责制定各种作战计划，根据测量绘画出各地地图，行军制定最佳的行军路线，以及出发日期等等。
后勤处的工作自然要做好一切军队后勤工作，粮草补给，膳食的制作，营房的搭建，辎重的管理等等。各营虽有辅兵，会专门进行这些工作，但这些各营物资调配，则全部都由后勤处负责。
随着淮凤军名声的渐渐响起，越来越多的文人秀才加入了进来，朱尽忠经过测试将他们安排进军中或是地方里去，而新成立的三各部门，同样需要有文化的人，这样就可以让淮凤军更加健康成熟的壮大起来。
另外一边在凤阳城下被淮凤军击溃的流寇，在朝廷大军的强大压力之下，农民军迅速兵分三路进行撤退。
原先在河南的农民军趁着洪承畴大军东进后，陕西空虚，掉头又杀了回去。二月底，张献忠率军西进，经霍山、英山进入湖广，三月初三日攻克麻城（今湖北省麻城市）三月十二日，张献忠与老回回、过天星等部会合攻取于羌州，长驱西进。张献忠由郧阳故道，经商州入陕西，高迎祥、李自成，以及已经流窜到湖北的张献忠等部会合于凤祥，陕西农民军势复大盛。
如此一来，河南以东地区再不见一个贼军，这让受到张献忠威胁的南直隶地区长长地松了一口气，暂时解除了警报。
追赶多日的洪承畴也没想到农民军来去如风，动作如此之快，只得赶紧修改战略，由从南直隶赶回河南在回救陕西，与农民军决战。
不过，当农民军回到陕西后，更是在老家作战，而且洪总督之前被人家牵着鼻子在几个省乱转，早已筋疲力竭，竟接连吃了个大败仗。
春四月，总督洪承畴至汝州，令总兵邓玘戍守樊城，防汉江。邓玘不善驭军，多克饷，军心不附。四月二十六日，其部将王允成以克饷聚兵鼓噪，杀邓玘二仆。邓玘惧，登楼越墙，误堕火巷，被焚死。
督师洪承畴以奏限于六月剿平农民军，期已迫近，遂率贺人龙、张全昌等西行，下令曹文诏由阌乡取山路直插雒南、商州奔袭农民军，然后再经山阳、镇安进入汉中。时农民军离商州城三十里札营，满山篝火。五月初五日，曹文诏率部偷袭农民军，农民军败走。
六月十一日，乱马川一役，官军前锋刘宏烈被俘。
六月十四日，副总兵艾万年、刘成功、柳国镇、又叫王锡奉命引兵增援，遭到农民军伏击。艾万年、柳国镇被击毙，刘、王二人重伤。主力战兵被歼三千余人，其余两万多人马皆溃散而去。再战，又被歼灭三千精锐。
在失利的消息接踵而至的时候，有发生了一件更打击明军的事情，那就是剿寇悍将曹文诏带着三千关宁铁骑在甘肃被农民军包围，最后战死疆场！
曹文诏，山西大同人。在辽东从军，随熊廷弼、袁崇焕等抗击后金军。以功历官游击、参将等职。崇祯三年七月，擢升延绥东路副总兵。次年四月，杀害起义军首领王嘉胤，以功擢临洮总兵官。继在陕西晋先后击破多支农民军，受命节制陕西、山西诸将。后调之大同。崇祯七年七月，请兵入大同，曹文诏固守怀仁。因失地，论罪充军边卫。山西巡抚吴甡保荐，乃复命为援剿总兵官，立功自赎。崇祯八年六月二十八日，在真宁湫头镇被农民军包围，自刎而死。
艾万年和曹文诏所部都是目前对阵农民军的主力部队，他们的接联战死对于明军的影响不言而喻。特别是悍将曹文诏，在当时可是被称为天下良将，勇冠三军，从他的战绩而言，一点点都不为过，他先后在陕西、山西等地参加了多次对农民军的围剿，经常是以几千人马对战十几万流寇，是农民军最头疼也是为害怕的明将。
至此，洪承畴手下已基本上可用之兵，整个陕西已经尽落于农民军之手。
当初在崇祯七年，洪承畴东出潼关追击农民军之时，崇祯红地命他于六个月之内肃清农民军。当时，他便觉得有些为难。可了到现在，更是无法可想，严格说来，如今的洪总督能够守住西安城就算是不错的了。
而他给崇祯皇帝的奏折上说，如今的陕西境内可用之兵已不足四万人，且多为不能用的辅兵和民夫，而流寇则为明军之十倍，其势不敌明甚。
在这样的情况下，农民军打下整个陕西已基本上是板上钉钉。不过，这个时候，又起了一个变故。农民突然放弃继续在陕西攻城掠敌，选择了再次进入河南。于是，洪承畴逃过了这一劫。
究其原因很简单，陕西因连年战争、灾荒，已是赤地千里，几十万农民呆在一块，吃饭就成最大的问题。于是，他们就再次回到河南，以战养战。这个时期的农民军实行的仍然是流寇主义，没有经营根据地的想法习惯。
农民军在曹文诏战死之后，人心大快，士气高傲，而与之相反，明军先前的各部都大受震动，严重影响到了士气。以至于一段时间内，明军都不敢和农军进行交战，尤其是在农民军准备进入河南的时候，声势及其浩大，大队东行，尘烟蔽天，队伍宽四十里，长约百余里。面对如此庞大的敌军，总兵左玉良，祖宽都是不敢出击只能眼睁睁地看着敌人进入河南，由此可以看出明军已失去了对农民军作战的信心。