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朱由检镇守马六甲的消息很快便传至南洋藩属和欧洲殖民强国那里，虽然他还没有被加封为亲王，但作为皇帝的亲弟弟身份是何等尊贵，这足以看出明朝对马六甲是志在必得。由于欧洲还深陷“三十年战争”，新旧教派之间的矛盾已经不可调和，英、荷、西、葡势单力孤，只能暂时依附于华远贸易公司，通过明朝商人进行贸易活动。
至于那些与奥斯曼帝国交好的小国，朱由检利用和暹罗公主甘雅的关系，不断在暗中帮助暹罗扩张领土，没用两年便将马来半岛上的外来势力驱除。战后两国以槟城和北大年河为界签订《新港条约》，互相承认对方在马来半岛的主权，明朝终于迈出了大洋争霸最坚实的一步。
此时日本、朝鲜、吕宋、安南、占城、暹罗、爪哇等国都有明朝外交使臣和商人的影子，中华文化圈的影响力已经渗透到他们的日常生活当中，大明作为宗主国可谓一呼百应。不过在风光的背后，中原地区承受着年复一年的天灾。
根据《汉南续郡志》记载：“崇祯元年，全陕天赤如血。五年大饥，六年大水，七年秋蝗、大饥，八年九月西乡旱，略阳水涝，民舍全没。九年旱蝗，十年秋禾全无，十一年夏飞蝗蔽天，十三年大旱，十四年旱。”
简单来说，在小冰河气候的影响下，旱涝肆虐导致耕地面积和粮食产量大幅度的缩减，加上蝗灾、瘟疫泛滥，一些重灾区的百姓流离失所，成为无家可归的难民。
在朱由校登基之初，为了应对小冰川的侵害便开始布局，先是通过实施以工代赈组织各地百姓修建大量的水利设施，然后在全国境内推行一条鞭法和摊丁入亩，提高农民的生产积极性，减轻他们的税赋压力。天启四年朝廷正式推广玉米、土豆、地瓜、番茄等外来农作物，不仅提高了土地的产量，还减轻了天灾对农业的影响。
朱由校本以为在自己的部署会让大明平稳的渡过这场灾难，可是他低估了瘟疫的破坏性。自从甘肃境内爆发了第一起肺鼠疫以后，这种病毒便难以控制，在当时的医疗条件下这是一种可以无限传染的绝症，很多村落发生了户丁尽绝的惨状。
在封建社会，天灾被人们认为是上天的惩罚或警示，皇帝往往会斋戒祷告，表示要尽人事听天命。为了安抚朝野的恐慌局势，朱由校白天命人在先农坛搭设灵台，亲自向昊天上帝祈祷；夜里则找来钦天监里的中西气象专家，认真比对中原地区的气候波动数据。待一切明朗之后，他这才召集太医院的陈司成、吴有性，钦天监的李祖白、陆仲玉，以及地理学家徐霞客，一同到皇极殿参加这起规模空前的赈灾动员大会。
是日早朝一干大臣见皇极殿户限为穿，以为出了什么大事，交头接耳一番才知道是因为甘肃境内出现一起瘟疫，顿时大为失望。看着底下这群不以为然的大明精英们，朱由校也是一肚子的委屈，自从来到这个时代，他便没日没夜的折腾，好不容易消除了周边的威胁，重新塑造了一个繁华的局面。可是他每一步都要召来御史言官的非议，虽然最后的结果都证明自己是对的，但是这种过程着实让人不舒服。比如这次他想借着肺鼠疫的事引入近代的西洋医学，结合传统的中医造福天下苍生，可底下人不是叹气就是翻白眼，这让他非常气愤，语气不免生硬的问道：
“自朕即位以来，躬身勤政，昼夜操劳，然天灾迸发，是无德乎？”
这番话涉及到天象的问题，本应该是钦天监的监正出来解答，可是汤若望因在京师非法传教被锦衣卫请去诏狱喝茶，属官李祖白趁机跪倒丹墀旁回道：
“圣上尧舜禹与，文韬武略，当今盛世在历史上也只有始皇统一六国、成吉思汗马踏四方可以相提并论……”
朱由校听不得这种阿谀无用的词语，咳嗽一声说道：
“李爱卿说重点！”
李祖白本想借此机会上位，听闻皇帝的话顿感惶恐。眼前这位皇帝喜欢实心用事的人，自己也是因此才被逐渐重用，如今他过于急功近利竟然犯了忌讳，急忙先叩头请罪，然后才说道：
“启奏圣上，近年来钦天监吸收了一批欧洲的天文学家，他们对于星相的认知给了臣等很大的启发。微臣等人发现太阳是一个燃烧中的大火球，自身的活动极为错乱，地球与之共鸣便会引发天灾。
最近几年太阳活动趋于衰弱，整个地球的北半部分气温持续降低，这才是导致旱涝交替、暴雪狂降的原因。结合历朝历代关于天文的记载，微臣认为这次的影响范围广、周期长、破坏大，还请圣上早作应对。”
这个李祖白是西学东渐运动中的留学派，融汇东西方的天文知识，在朱由校的引导下已经成为拨开天体谜团的先行者。钦天监属官虽然只是个六品官，但因掌握历法而时常出入皇帝左右，很容易成为皇帝的心腹。
朱由校听完后觉得他比较务实，可惜不太懂得揣摩圣意，最后的那段话过于笼统，于是顺着他的意思追问道：
“李爱卿说的波及范围广，持续周期长，破坏力大，还能否再具体一些？”
李祖白初生牛犊，不假思索的说道：
“回圣上的话，据微臣推算，这次灾害将波及黄河、长江流域，以及漠北和辽东，持续周期不下二十年，破坏力之大恕臣不敢妄言。”
对于这个小冰河时期朱由校是早有思想准备的，但听闻李祖白的话还是觉得脊背发凉。在信奉君权神授的时代，只有君主德薄才会遭天谴。李祖白此言一出底下的臣子们早已窃窃私语起来，将矛头指向皇帝的大洋争霸战略。
为了安抚众人，朱由校很不情愿的说道：
“朕连年对外用兵，这是上天给朕的警示。朕愿意接受上天的安排，暂时停止对外用兵，即日起沐浴醒身，祭祀天地和太庙，以求天佑中华。”