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自从欧亲王朱以派出访欧洲列国后，明朝与欧洲的联系日益紧密，不仅互设使馆建立外交关系，还鼓励商业贸易和文化交流。在这种背景下，明朝自上而下的开展了一场西学东渐运动，主动吸收欧洲的自然科学知识，许多士族学者已开始探索真实的物质世界，一件件的揭开自然奥秘的伪装。
这期间，一些欧洲的着作也被翻译过来，比如李之藻的《浑盖通宪图说》、李祖白的《远镜说》、陆仲玉的《日月星晷式》，以及徐光启和意大利耶稣会士利玛窦合着的《几何原本》。
一个国家是否强盛先要看她的军事力量，只有拳头硬说的话才有人听，而军事的强弱依靠科技，科技又依托教育水平，教育的直接体现就是学术着作。这些外来知识中的精华很快便被大明精英掌握，直接推动了明朝在数学、物理、化学、天文等方面的进步，这也是为何李祖白在皇极殿内敢用天体知识来反驳礼部的天谴说。
其实肺鼠疫是一种很常见的传播疾病，但是死亡率超高，曾经蔓延欧洲的黑死病便是其中一种。在利玛窦、汤若望等人的帮助下，一些关于鼠疫的资料开始被整理出来，配合《瘟疫论》的一些治验所得，很快便控制住了甘肃的疫情。这其中空气传播学大师吴有性的功劳最大，朱由校早就想一睹尊容，借故将他召到勤政殿内。君臣二人寒暄过后，吴有性俯身说道：
“启奏圣上，微臣承蒙天家恩惠，虽供职于太医院，但一直可以亲临各地灾区查看疫情。这些年收获颇多，臣推究病源，潜心研究，将所有心血写成《瘟疫论》一书。
微臣愚见，每逢大灾过后必有瘟疫发生，且来势凶猛，容易感染，危害极大。这些瘟疫虽然各不相同，但多是人或动物的尸体腐烂引起，初期通过接触传播，后期则通过空气即可传播，所以微臣斗胆进言，灾区出现疫情应及时焚烧死者的尸体，将病人隔离治疗，防止互相传染。”
古人讲入土为安，下辈子能奔个好前程，吴有性关于火化的见识让朱由校大为吃惊，敬佩之意从心底油然而生，感叹大明精英的聪慧。此时他已发现病菌会通过接触、空气传播，据此提出要预防患者之间的交叉感染，仅此一项便领先西方二百多年。
公元1644年，民族败类吴三桂弃关投敌，多尔衮率八旗劲旅入主中原。吴有性因拒绝臭名昭着的“剃发令”而被清兵残忍杀害，其妻携幼子投河殉情。
为了提拔这位历史上的名人，好让瘟疫学说尽早的造福人类，也让他有个圆满的结局，朱由校决心趁机进行一次医疗改革。先是成立皇家医学院，任命吴有性为第一任院长，由他负责招揽天下名医，汇集中外医学着作进行研究，由传统的“望、闻、问、切”转向注重人体解剖、研究器官机理和消除致病因素等实用医学。
可以说这是一次颠覆性的改革，为了保证中医理论占据主导地位，朱由校不惜花费重金刊发传统的四大医学经典，此外还有《外经》、《千金方》、《白氏内外经》、《扁鹊内外经》、《旁篇》等。捧着这些中华民族的瑰宝，朱由校激动的热泪盈眶。从1644年到1949年，中华民族经历了碎骨般的浩劫，西方人不仅榨干了五千年的文明成果，而且还抢夺、焚毁了许多文物古籍，致使我们的文化传承出现断代。
在皇家医学院成立的当天，朱由校作为一国之君兼学院的发起人、投资人，被众人一致推选为名誉院长。朱由校心想外行是不能领导内行的，红着脸慌忙摆手推辞道：
“医学的发展是没有尽头的，朕不过粗读过几本医术，连西洋大夫都不如，哪里敢担此重任。何况朕成立皇家医学院的初衷是依靠集体的智慧去探究医疗知识，为天下苍生减轻疾餐死亡带来的痛苦。所谓医者仁心，朕已决定让一位本朝的医学大家获此殊荣。”
说完命人揭开身后的红布，一尊巨大的李时珍铜像在太阳底下熠熠生辉，望着众人不解的眼神，朱由校继续说道：
“生于正德年间的李时珍，为了收集医药，尝遍奇花异草，几次差点染剧毒身亡，终以生命撰写成《本草纲目》一书。此书的价值远不是我们这一代人能理解的，可能千百年后整个人类都会受益，因此朕不但决定钦命他为皇家医学院的名誉院长，而且还在他的老家修建祠堂，四时供奉香火灯烛，以便后人祭拜瞻仰。”
此时李时珍的大名早已在医学界和民间广为流传，《本草纲目》更是成为了医学宝典进行刊印，甚至被翻译成洋文流传海外。对于皇帝的推崇，众人虽然觉得有些匪夷所思，但真这么做了也无话可说。李时珍在嘉靖三十年时就被楚王朱英裣聘为王府的奉祠正，五年后入京任太医院判，可谓年少成名，前程似锦，然而太医院这座池塘养不住李时珍这条巨龙，没多久他便辞官回乡，潜心着述，仅参考书籍就多达九百二十五部。期间他多次离家外出考察，足迹遍布湖广、安徽、河南、河北等地，历经二十七个寒暑，记录数千万字的札记，三次修订原稿，终完成一百九十二万字的医学巨着《本草纲目》。
关于李时珍，民间有雨湖传说的轶事。相传他出生那天，其父正在雨湖中打渔。平常运气还不错，这一次却连下几网都一无所获，其父很丧气。最后一网拉起来感觉沉甸甸的，心中暗喜，以为是条大鱼，提起来才发现是一块大石头。李父叹道：石头呀石头，我与你无冤无仇，今日为何捉弄我？叫我愁上加愁。石头突然也说话了：石头呀石头，前来贺喜不用愁。先生娘子快落月，不知先生有何求？原来这石头就是雨湖神。
李父急忙赶回家，正好李时珍生下地，于是给他起名叫石珍。当晚李父又做了一个梦，梦见仙人铁拐李前来道喜说：“时珍时珍，百病能诊。做我高徒，传我名声”，于是改名为李时珍。